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关于企业能否以调休代替支付加班费的问题，根据现行法律法规的规定，在特定条件下是允许的。但这种做法必须遵循相关法律的具体要求，并且要确保劳动者的合法权益不受损害。
当员工未按时收到加班费时，可以采取多种措施维护自身权益，包括但不限于与雇主协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如果上述方法无法解决问题，还可以选择提起诉讼。
关于加班工资是否应计入年终奖计算基础的问题，根据现行的相关法律法规，并没有直接明确规定加班工资必须纳入年终奖的计算基数中。但实践中，具体如何操作往往取决于用人单位与员工之间签订的劳动合同或企业内部规章制度的具体约定。